Explizit als Graf von Burgund bezeichnete sich das erste Mal Graf Otto Wilhelm von Burgund-Ivrea. Seine Nachfahrin Beatrix von Burgund heiratete Kaiser Friedrich Barbarossa, der damit zum Gebieter über diesen Landstrich wurde. Er trennte einen Teil des Gebietes ab und erklärte sie zur Pfalzgrafschaft. Sein Sohn Otto erbte das Land von seiner Mutter.
1208 heiratete Ottos Tochter Beatrix den Grafen Otto I von Andechs Meranien, der damit die Macht in Burgund übernahm und den Einfluss seiner Familie so bis nach Frankreich ausweitete. Burgund blieb bis zum Tod von dessen Sohn Otto II von Andechs Meranien im Besitz der Andechser. Danach starb dieses Adelsgeschlecht aus. Die Pfalzgrafschaft wurde seiner Schwester Adelheid übergeben und kam auf diesem Weg in die Hände des Hauses Salin, den Adelheids erster Ehemann war Hugo von Salins. Der gemeinsame Sohn Otto IV von Burgund regierte bis 1302. Nach einer wechselvollen Geschichte, in der die Grafschaft mal zum Heiligen Römischen Reich und mal zu Frankreich gehörte, eroberte der französische Sonnenkönig Ludwig XIV sie endgültig für Frankreich zurück